Video: Che cos'è un file indice BAM?
2024 Autore: Lynn Donovan | [email protected]. Ultima modifica: 2023-12-15 23:49
UN file BAM (. bam ) è la versione binaria di un SAM file . UN SAM file (. sam) è un testo delimitato da tabulazioni file che contiene i dati di allineamento della sequenza. Indicizzazione : IGV richiede che sia SAM che File BAM essere ordinato per posizione e indicizzato , e che il file di indice seguire una convenzione di denominazione specifica.
Allo stesso modo, le persone chiedono, come apro un file BAM?
Dal File menu scegli Aprire e seleziona File BAM dal lato sinistro. Seleziona il pulsante a destra che dice Aggiungi a file BAM . Vai a BAM Test File cartella che hai scaricato seleziona with_index_with_graph. Clic Aprire , seleziona mappa.
In secondo luogo, come posso convertire un file BAM in Fastq? Di seguito sono riportati i passaggi per convertire il file BAM in formato FASTQ. Funzionerà su Linux e richiederà SAMTOOLS e BEDTOOLS
- Scarica SAMTOOL.
- Estrai usando il comando tar xzvf samtools-version.tar.bz2.
- Creerà una cartella con il nome samtools-version.
- Spostati nella directory cd samtools-version.
Allo stesso modo, come posso convertire un file BAM in un file SAM?
Per convertire SAM a BAM , usiamo il comando samtools view. Dobbiamo specificare che il nostro input è in Formato SAM (per impostazione predefinita si aspetta BAM ) utilizzando l'opzione -S. Dobbiamo anche dire che vogliamo che l'output sia BAM (di default produce BAM ) con l'opzione -b.
Cosa fa la vista Samtools?
Samtools è un insieme di utilità che manipolano gli allineamenti nel formato BAM. Importa ed esporta nel formato SAM (Sequence Alignment/Map), fa l'ordinamento, la fusione e l'indicizzazione e consente di recuperare rapidamente le letture in qualsiasi regione. Samtools è progettato per funzionare su un flusso.
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